爱沙尼亚是《欧洲刑事事项法律互助公约》 （1959 年）及其《附加议定书》的缔约国。爱沙尼亚还与芬兰、拉脱维亚、立陶宛、波兰、俄罗斯联邦、乌克兰和美利坚合众国缔结了若干双边协定。
负责司法协助的中央机关是司法部，可接受英语和爱沙尼亚语请求。爱沙尼亚已将这一点通知了秘书长。
检察署处理司法部收到的请求，并决定负责执行请求的适当主管机关。提供司法协助并不要求两国共认犯罪，包括在请求涉及胁迫性行动的案件中。可通过各种不同的方法提供协助，包括使用电话或视频会议审讯人员，将财产移交给外国，执行搜查和扣押等。不得以银行保密为由拒绝请求。
如果引渡请求与爱沙尼亚法律的一般原则相冲突，或者可能危及爱沙尼亚的安全、公共秩序或其他根本利益，或者有理由相信请求国不会保障或尊重人权因素，则可拒绝引渡请求。
请求应说明请求机关、所寻求的协助、请求所涉人员的姓名及其他相关信息、事实说明以及其他相关资料。值得注意的是，有时提交的资料虽不多，但信息充足，爱沙尼亚也给予了协助。如有必要，爱沙尼亚可要求请求国提供更多资料。
爱沙尼亚已处理了大量收到和发出的司法协助请求，包括与洗钱和冻结资产有关的请求。
如果请求国保证尊重豁免权和安全通行，可应请求传唤证人和专家在外国法庭上作证。在实际当中，爱沙尼亚承担执行司法协助请求的一般费用。不得将通过司法协助请求收到的资料用于请求中没有述及的案件侦查、起诉和诉讼。
向请求国提供公开信息。非公开信息分为四类：机要资料、保密资料、机密资料和绝密资料。可将机要资料提供给请求国。针对具体案件并通过主管机关提供保密资料和机密资料。不得与其他国家分享绝密资料。