国家反腐败中心是预防和打击腐败的专门机构，除其他外，还应行使调查职能。其前身是打击经济犯罪和反腐败中心，后者成立于 2002 年，后于 2012 年进行改革并更名。按照此项法律确定的条款，该中心享有组织、职能和业务独立性。第 294-XVI/2008 号法律第 25 条规定设立专门的检察官办公室，负责执行反腐败任务。据报告，该国在不断努力，改革检察部门。尽管摩尔多瓦共和国在建设法律和体制反腐败框架方面开展了大量工作，但落实工作依然步履蹒跚。另一个问题是缺乏有关反腐败的综合改革愿景，导致工作出现重复。这种体制碎片化现象加剧了机构重叠，并在实际当中降低了反腐败的机构效率。