关于司法协助的条件和程序载于关于在刑事事项上司法协助的第 1/2006 号法律。除了东盟关于在刑事事项上司法协助的条约外，印度尼西亚受与澳大利亚和中华人民共和国之间两份双边协议的约束。
司法协助的提供以条约为依据。如果没有这类条约，则可“根据互惠原则在良好关系基础上”提供司法协助。在没有两国共认犯罪的情况下，也可提供司法协助。
有关法人的司法协助尚未得到确保。可考虑在刑事事项上司法协助的法律草案中予以确保。
请求必须向中央主管机关——法律和人权部——提出，然后由该部将所有请求转交给根除腐败委员会。请求必须指明执行请求的理想时限。然而，在实践中，如果收到未指明这类截止时限的请求，印度尼西亚就会争取请求国予以澄清。在所提供的信息不足以给予批准时，印度尼西亚可以要求提供额外信息。
印度尼西亚已经执行了它所收到的所有司法协助请求。
总体而言，印度尼西亚订有《公约》所要求的多数措施。以下步骤可进一步加强现行司法协助程序。
– 探寻可否重新考虑在没有条约的情况下提供司法协助的条件，目的是至少能够提供非强制性司法协助措施；
– 允许在可认定法人罪责的犯罪上提供司法协助；
– 确保未经事先请求即可向另一缔约国传递信息；
– 探寻可否赋予主管当局（国家警察办公室、总检察长办公室、根除腐败委员会）在执行司法协助请求方面推翻银行保密规定的权限；
– 探寻可否指定根除腐败委员会为处理所有腐败案件的中央主管机构；